تم إنشاء الإدارة العامة للمرافق بقرار معالي رئيس الجامعة رقم (27/32/1/ق) وتاريخ 21 / 6 /1432 هـ بمسمى ( إدارة المشاريع والخدمات العامة) وكانت تقوم بأعمال الإشراف على مشاريع الجامعة والتنفيذ لمباني ومرافق الجامعة والصيانة والتشغيل والنظافة والري والمزروعات وفي عام 1442هـ صدر قرار معالي رئيس الجامعة بضم إدارة إسكان أعضاء هيئة التدريس وتعديل مسمى الإدارة ليصبح" الإدارة العامة للصيانة والخدمات" وفي عام 1447هـ صدر قرار سعادة رئيس الجامعة ضمن خطة هيكلة الإدارة باعتماد الهيكل التنظيمي وتغيير مسمى الإدارة ليصبح "الإدارة العامة للمرافق" ،حيث بدأت مسيرتها بتنفيذ سلسلة من المشاريع لمتابعة الإحتياجات العاجلة للجامعة ورفع مستوى الجاهزية للبنية الأساسية للجامعة وإضافة إلى ذلك عملت الإدارة العامة للمرافق على تقديم الخدمات المساندة للجامعة من صيانة وتشغيل لمباني ومرافق وأجهزة ومعدات الجامعة بالإضافة إلى تقديم خدمات الزراعة والنظافة وإدارة المخلفات الخطرة والنقل وتأمين المياه وخدمات الأمن والسلامة والصحة المهنية.